Le coronavirus peut-il se transmettre par les animaux?

Coronavirus : quels risques pour les autres animaux ?
 

Le 20/03/2020

Le cas d'un chien testé « faiblement positif » au nouveau virus à Hong-Kong fin février, alors que son maître était lui-même contaminé, a soulevé des questions sur les infections humain-animal. L'Anses (Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement, et du travail) a donc réuni « en urgence » un groupe d'experts pour se pencher sur cette question et celle, liée, d'une contamination par ingestion de viande.

« À la lumière des connaissances scientifiques disponibles, il n'existe aucune preuve que les animaux de compagnie et d'élevage jouent un rôle dans la propagation du virus SARS-CoV-2», conclut l'Anses. Même si le nouveau coronavirus SARS-CoV-2, qui provoque la maladie Covid-19, est sans doute né chez la chauve-souris avant de passer par une autre espèce, puis de se transmettre à l'Homme, son passage « de l'être humain vers une autre espèce animale semble actuellement peu probable », assurent les experts.

Ils mettent notamment en avant le fait qu'« aucun virus » du même groupe que ce nouveau coronavirus n'a jamais été détecté chez un animal domestique. En effet, si chez certaines espèces, le récepteur auquel s'attache le SARS-CoV-2 pour entrer dans les cellules est présent, cette présence n'est pas suffisante pour permettre la réplication du virus, explique l'Anses, recommandant toutefois des études complémentaires pour identifier les facteurs permettant cette réplication.

LES CORONAVIRUS SONT-ILS COURANTS CHEZ LES ANIMAUX ?

Les coronavirus sont très courants chez les animaux, particulièrement chez les mammifères et les oiseaux. Mais ils ne sont pas tous associés à des maladies !

Il existe beaucoup de « portage asymptomatique » : les animaux sont alors susceptibles de transmettre une maladie à leurs congénères sans en présenter les symptômes cliniques.

Ainsi, passé l’âge d’un an, plus de 80 % des animaux domestiques (bovins, chiens, chats, cochons, etc.) sont séropositifs pour au moins un coronavirus, sans être malades pour autant.

CORONAVIRUS : DE QUOI PARLE-T-ON ?

La vaste famille des coronavirus est constituée de quatre groupes :

• Les Alphacoronavirus : il s’agit souvent de virus touchant les chauves-souris, mais ce groupe inclut aussi trois virus affectant l’Homme (principalement responsables des rhumes) ;
• Les Betacoronavirus : c’est parmi eux qu’on trouve le SARS-CoV2, l’agent viral pathogène responsable du COVID-19, mais aussi certains virus affectant des espèces spécifiques comme le hérisson ou les rongeurs ;
• Les Gammacoronavirus : au sein de ce groupe, on trouve des virus présents uniquement chez certains cétacés (beluga, dauphin…), mais surtout des virus d'oiseaux ;
• Les Deltacoronavirus : il s’agit de virus infectant certaines espèces d’oiseaux et d’autres touchant les suidés (porc...).

Une des caractéristiques de cette famille de virus est le type de cellules qu’ils infectent : très souvent des cellules épithéliales*, et surtout celles des muqueuses digestives ou respiratoires.

De ce fait, les formes de maladies que l’on trouve le plus souvent sont des pathologies intestinales et/ou des syndromes respiratoires.

*L'épithélium correspond au tissu cellulaire recouvrant la surface externe d’un organe (peau, muqueuses).

LES CORONAVIRUS SONT-ILS SOUVENT TRANSMISSIBLES À L’HOMME ?

Seule une petite proportion des coronavirus connus peuvent se transmettre de l’animal à l’Homme (ou vice-versa).

Les autres sont au contraire très spécifiques et ne touchent qu’une seule espèce.

Actuellement, trois coronavirus sont connus pour leur passage de l’animal à l’Homme : le MERS-CoV (dont l’espèce réservoir principale est le dromadaire), le SARS-CoV (dont l’espère réservoir est la chauve-souris) et le nouveau SARS-CoV-2.

Ce dernier a surtout acquis la propriété de passer d’Homme à Homme et a probablement perdu beaucoup de ses capacités à retourner chez l’animal.

Le génome du SARS-CoV-2 (responsable du COViD-19) présente une identité de 96,3 % avec un autre Betacoronavirus trouvé chez une espèce de chauve-souris asiatique du genre Rhinolophus. Il en est donc bien plus proche que celui trouvé chez les pangolins.

POURQUOI LE COVID-19 A-T-IL CONTAMINÉ LES HUMAINS ?

Tout d’abord, il faut savoir que les coronavirus n’ont pas un taux de mutation très élevé par rapport à d’autres familles de virus (notamment les virus de la grippe, qui mutent bien plus souvent). Mais leur génome est plus long, ce qui augmente les chances d’erreur de recopie lors de leur multiplication.

Ils ont par contre une caractéristique plus développée que d’autres virus : ils peuvent échanger des parties de leur code génétique avec des coronavirus proches, et ainsi acquérir certaines de leurs propriétés. C’est ce qu’on appelle « la recombinaison ».

Le franchissement de la barrière des espèces peut s’expliquer par des contacts rapprochés, fréquents et chroniques, ou par des ingestions répétées.

Cela peut se produire, par exemple, dans les marchés d’animaux sauvages qui :

• Concentrent des espèces sauvages différentes sur un espace réduit (cages contiguës), notamment des espèces qui ne sont pas proches dans la nature (exemple : chauves-souris en hauteur et pangolins au sol) ;
• Ne respectent pas de bonnes mesures d’hygiène ;
• Encouragent la consommation humaine de ces animaux, et donc un contact inédit et répété entre les cellules intestinales humaines et le virus.

Le facteur temporel est très important : les études génétiques s’accordent sur le fait que l’émergence du SARS ou du MERS sont le fruit de plusieurs décennies de situations de proximité continues, permettant à plusieurs événements de mutation et de recombinaison d’arriver les uns après les autres.

QUEL RISQUE POUR LES ESPÈCES VIVANT EN PARCS ZOOLOGIQUES ?

La promiscuité qu’on trouve dans les marchés d’animaux sauvages n’est absolument pas comparable à la situation dans les zoos, où les animaux disposent de grands espaces et où les mesures d’hygiène sont très élevées.

De plus, les animaux des parcs zoologiques n’ont que très peu de contacts avec l’Homme, et ne rentrent pas dans la chaîne de consommation alimentaire.

Aucune des espèces animales les plus associées à ce nouveau profil zoonotique* (pangolin malais, chauves-souris insectivores du Sud-Est asiatique,..) n’est conservée dans les zoos européens, ce qui diminue d’autant le risque d’une circulation hypothétique du virus.

Enfin, les animaux de parcs zoologiques sont sous étroite et permanente surveillance vétérinaire.

^{*Zoonotique : relatif à la zoonose, maladie qui se transmet de l’animal à l’Homme ou vice-versa.} 

Pour le moment, seuls des simulations informatiques et essais in vitro (sur des cellules) ont été réalisés.

Il semble que quelques espèces proches de l’Homme (primates, notamment gorilles ou chimpanzés) pourraient potentiellement être infectées.

QUID DU CHIEN DÉTECTÉ POSITIF EN CHINE ?

Ce « cas » est désormais très controversé. Une quantité faiblement positive de virus a été trouvée sur les prélèvements oraux et nasaux de l’animal. Il peut tout à fait s’agir d’une contamination passive, par exemple si le chien a touché et léché des personnes infectées.

Aucune preuve n’a été apportée d’une infection chez les animaux domestiques. Pour l’instant, tous les tests réalisés sur des chiens, chats et bovins se sont révélés négatifs.

_{Muséum national d’Histoire naturelle.}